История кафедры классической филологии начиналась с открытием в Сибирском университете историко-филологического факультета, которое состоялось в 1917 году. Заведовал кафедрой профессор Эрих Васильевич Диль, преподавателями были в основном выпускники учебных заведений Санкт-Петербурга: Борис Леонидович Богаевский (1919-1922), Софья Ивановна Протасова (1917-1922), Борис Васильевич Казанский (1919-1920), Мстислав Антонович Шангин (1920-1922), Владимир Евгеньевич Чижов (1919-1922). Б.Л. Богаевский в 1921-1922 гг. был ректором Томского университета. В связи с реорганизацией гуманитарного образования в 1920-е годы и закрытием филологического отделения кафедра классической филологии перестала существовать, успев сделать единственный выпуск специалистов в 1922 году.

Второе открытие кафедры произошло в 1941 году на историко-филологическом факультете и связано с возрождением гуманитарных наук в Томском университете; отделение классической филологии было открыто в 1944 году. В связи с эвакуацией в Томске оказались видные учёные из Ленинграда, Москвы, Киева и других городов. Кафедру возглавил Павел Иванович (Пейсах Исаакович) Каган, в её состав входили: Андрей Александрович Белецкий (впоследствии профессор, заведующий кафедрой классической филологии Киевского университета, председатель секции классической филологии Всесоюзного научно-методического совета по высшему филологическому образованию при Минвузе СССР), Алексей Львович Пинчук (после отъезда П.И.Кагана в 1944 г. заведовал кафедрой, единственный из учёных, оказавшихся в Томске во время войны, Алексей Львович остался на факультете, был заместителем декана факультета, работал вплоть до своей кончины в 1954 г.), томичка Элиза Фёдоровна Молина, которая пришла на кафедру в 1941 г. в качестве преподавателя латинского языка. Дочь крупного математика, приехавшего в Томск в 1901 г., до революции она училась в Санкт-Петербурге на Высших женских курсах, а затем стала студенткой первого набора историко-филологического факультета.

С 1949г.на кафедре в должности профессора, а с 1954 по 1956 г. заведующего работает Лев Дмитриевич Тарасов, видный филолог-классик, сосланный в Томск после ареста его дочери за «шпионскую деятельность в пользу Америки». В 1949 г. на кафедре начинают работать выпускницы классического отделения Казанского университета Галина Александровна Чупина и Нина Александровна  Першина, приехавшие в Томск по распределению.

В начале 50-х гг. в Томском университете  было закрыто классическое отделение, а в 1957 г. кафедра классической филологии, с этого времени в течение 18 лет филологи-классики входят в состав кафедры русской и зарубежной литературы.

В 1975 году на филологическом факультете была образована новая кафедра  - общего языкознания и классической филологии, преобразованная в кафедру общего, славяно-русского языкознания и классической филологии в 1987г.

Непрерывная традиция классического образования в Томске сохранилась во многом благодаря усилиям Э.Ф. Молиной, которая благодаря своему высокому авторитету и при поддержке младших коллег в конце 50-х годов добилась разрешения факультативно готовить специалистов по классическим языкам и античной культуре. После ухода Э.Ф. Молиной на пенсию в 1975 г. работой факультатива руководил Г.М.Шатров. С 1982 по 1987 г. он возглавлял кафедру общего языкознания и классической филологии. Проводилась работа по расширению и совершенствованию учебного плана и программ: увеличено количество часов на древнегреческий язык, введён курс истории греческого языка, стал работать спецсеминар по этимологии исконной и заимствованной лексики латинского, древнегреческого, русского и других языков, в результате чего в 1992 г.удалось открыть на филологическом факультете специализацию «классическая филология», куратором которой после ухода из жизни Г.М. Шатрова в 1995 г. является Л.Т. Леушина.

В учебный план специализации, кроме общих курсов по специальности  «русский язык и литература», входят: латинские авторы (Цезарь, Овидий, Цицерон, Вергилий, Гораций, Лукреций, Тит Ливий), древнегреческий язык и авторы (Ксенофонт, Платон, Гомер, Геродот и др.), история латинского языка, история греческого языка, античная культура, античное искусство, история Греции и Рима, античные рецепции в русской литературе, перевод с русского языка на латинский, средневековая латынь, медицинская латынь и др.В группах специализации обучаются как правило от 6 до 10 человек.

Выпускники специализации работают в вузах  и гимназиях Западной Сибири, Казахстана, европейской части России, в последние полвека кафедра пополнялась за счёт выпускников Томского университета, в аспирантуре Санкт-Петербургского университета по кафедре классической филологии в 70-е гг. прошли подготовку Л.Т.Леушина и рано ушедший из жизни О.Н.Сорокин.

Сегодня в составе кафедры 7 преподавателей, чьи поручения  в той или иной мере связаны с дисциплинами античного цикла, которые преподаются на филологическом, историческом, культурологическом, на факультете иностранных языков: проф. Леушина Лилия Трофимовна, доц. Садыкова Ирина Викторовна, доц. Конончук Инесса Яковлевна, доц. Суханова Софья   Юрьевна, к.ф.н. Царегородцева Оксана Викторовна, доц. Толстик Светлана Александровна, проф. Дронова Любовь Петровна.

Научные интересы сотрудников кафедры находятся в основном  в области сравнительно-исторического языкознания, исторической лексикологии и этимологии, античными рецепциями в современной поэзии  занимается С.Ю. Суханова На кафедре открыта магистратура, имеется аспирантура.

Значительную роль в научном развитии кафедры сыграл Ленинградский (Санкт-Петербургский) государственный университет. Юрий Владимирович Откупщиков, зав. кафедрой классической филологии ЛГУ, неоднократно приезжал в Томск с лекциями по сравнительно-историческому языкознанию, этимологии, классической филологии для преподавателей и студентов, проводил консультации.

Решением Научно-методического совета по филологии УМО университетов Российской Федерации в Томском государственном университете в 2001г. создан Сибирский региональный совет по классической филологии (руководитель Л.Т. Леушина), в рамках его работы проводятся всероссийские конференции с участием филологов-классиков Санкт-Петербурга, Москвы, Екатеринбурга, Перми, Саратова, Иванова, Самары, из многих сибирских городов, по материалам работы регионального совета и конференции издаются сборники «Классическая филология в Сибири». В дни работы конференции  организована работа школы - семинара для преподавателей и студентов специализации.

Неоценимую помощь в организации и проведении этих мероприятий оказывают Николай Николаевич Казанский, академик РАН, директор Института лингвистических исследований, руководитель Объединения региональных центров греко-латинской лингвокультурологии, и профессор Марина Николаевна Славятинская, зам. председателя секции «Классическая, византийская и новогреческая филология научно-методического совета при УМО университетов Российской Федерации» (председатель проф. А.И.Солопов).

Преподавателями кафедры подготовлены учебные пособия и методические разработки по древнегреческому языку, латинскому, античной литературе.